极客教程Biopython 测试技术
Biopython 测试技术 Biopython有大量的测试脚本，在不同的条件下测试软件，以确保软件没有错误。要运行测试脚本，请下载Biopython的源代码，然后运行下面的命令 — python run_tests.py Th...
Biopython
Biopython 机器学习
Biopython 机器学习 生物信息学是一个应用机器学习算法的绝佳领域。在这里，我们有大量的生物体的遗传信息，不可能对所有这些信息进行人工分析。如果使用适当的机器学习算法，我们可以从这些数据中提取很多有用的信息。Biopython提供了一...
Biopython 聚类分析
Biopython 聚类分析 一般来说，聚类分析是将一组对象归为同一组。这个概念主要用于数据挖掘，统计数据分析，机器学习，模式识别，图像分析，生物信息学等。它可以通过各种算法来实现，以了解聚类在不同分析中的广泛使用。 根据生物信息学，聚类分...
Biopython 绘图
Biopython 绘图 本章介绍了如何绘制序列。在进入这个话题之前，让我们先了解一下绘图的基本知识。 绘图 Matplotlib是一个Python绘图库，可以生成各种格式的高质量数据。我们可以创建不同类型的图，如线图、柱状图、条形图、饼图...
Biopython 表型微阵列
Biopython 表型微阵列 表型被定义为生物体对特定化学品或环境表现出的可观察的特征或特性。表型芯片同时测量生物体对大量化学品和环境的反应，并对数据进行分析以了解基因突变、基因特征等。 Biopython提供了一个很好的模块，Bio.P...
Biopython 基因组分析
Biopython 基因组分析 基因组是一套完整的DNA，包括其所有的基因。基因组分析是指对单个基因及其在遗传中的作用的研究。 基因组图 基因组图以图表的形式表示遗传信息。Biopython使用Bio.Graphics.GenomeDiag...
Biopython 人口遗传学
Biopython 人口遗传学 群体遗传学在进化理论中起着重要作用。它分析了物种之间以及同一物种中两个或多个个体的遗传差异。 Biopython为种群遗传学提供了Bio.PopGen模块，主要支持`GenePop，这是一个由Michel R...
Biopython BioSQL模块
Biopython BioSQL模块 BioSQL 是一个通用的数据库模式，主要是为所有RDBMS引擎存储序列及其相关数据而设计。它的设计方式是，它可以保存所有流行的生物信息学数据库的数据，如GenBank, Swissport等。它也可以...
Biopython motifs对象
Biopython motifs对象 序列主题是一种核苷酸或氨基酸序列模式。序列图案是由可能不相邻的氨基酸的三维排列形成的。Biopython提供了一个单独的模块，Bio.motifs来访问序列动机的功能，如下所述 from Bio imp...
Biopython PDB模块
Biopython PDB模块 Biopython提供了Bio.PDB模块来操作多肽结构。PDB（Protein Data Bank）是网上最大的蛋白质结构资源。它承载了很多独特的蛋白质结构，包括蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA、蛋白质-RN...
Biopython Entrez数据库
Biopython Entrez数据库 Entrez 是一个由NCBI提供的在线搜索系统。它提供了对几乎所有已知的分子生物学数据库的访问，并支持布尔运算符和字段搜索的综合全球查询。它从所有的数据库中返回结果，包括每个数据库的命中率、带有原数...
Biopython BLAST概述
Biopython BLAST概述 BLAST是 Basic Local Alignment Search Tool的缩写 它可以发现生物序列之间的相似性区域。Biopython提供了Bio.Blast模块来处理NCBI的BLAST操作。你...
Biopython 序列比对
Biopython 序列比对 序列比对 是将两个或多个序列（DNA、RNA或蛋白质序列）按照特定的顺序排列，以确定它们之间的相似区域的过程。 识别相似区域使我们能够推断出很多信息，如物种之间有哪些性状是保守的，不同物种在遗传上有多接近，物种...
Biopython 序列I/O操作
Biopython 序列I/O操作 Biopython提供了一个模块，Bio.SeqIO，可以分别从一个文件（任何流）中读取和写入序列。它支持生物信息学中几乎所有可用的文件格式。大多数的软件为不同的文件格式提供了不同的方法。但是，Biopy...
Biopython 高级序列操作
Biopython 高级序列操作 在本章中，我们将讨论Biopython提供的一些高级序列功能。 补体和反补体 核苷酸序列可以被反向互补以得到新的序列。同时，补足的序列也可以通过反向补足来获得原始序列。Biopython提供了两种方法来实现...
Biopython 序列
Biopython 序列 序列是用来表示生物体蛋白质、DNA或RNA的一系列字母。它由Seq类表示。Seq类被定义在Bio.Seq模块中。 让我们在Biopython中创建一个简单的序列，如下图所示。 >>> from B...
Biopython 创建简单的应用程序
Biopython 创建简单的应用程序 让我们创建一个简单的Biopython应用程序来解析一个生物信息学文件并打印其内容。这将有助于我们理解Biopython的一般概念，以及它如何在生物信息学领域提供帮助。 第1步 - 首先，创建...
Biopython 安装
Biopython 安装 本节解释了如何在你的机器上安装Biopython。它的安装非常简单，不会超过5分钟。 第1步 - 验证Python的安装 Biopython被设计为与Python 2.5或更高版本一起工作。因此，必须先安装...
Biopython 简介
Biopython 简介 Biopython是最大和最流行的Python生物信息学包。它包含许多不同的子模块，用于常见的生物信息学任务。它是由Chapman和Chang开发的，主要用Python编写。它还包含C代码以优化软件的复杂计算部分。...
Biopython教程
Biopython教程 Biopython是一个开源的python工具，主要用于生物信息学领域。本教程介绍了Biopython软件包的基础知识，生物信息学概述，序列操作和绘图，群体遗传学，聚类分析，基因组分析，与BioSQL数据库的连接，最...