Biopython motifs对象

序列主题是一种核苷酸或氨基酸序列模式。序列图案是由可能不相邻的氨基酸的三维排列形成的。Biopython提供了一个单独的模块，Bio.motifs来访问序列动机的功能，如下所述

from Bio import motifs

创建简单的DNA图案

让我们使用以下命令创建一个简单的DNA图案序列

>>> from Bio import motifs 
>>> from Bio.Seq import Seq 
>>> DNA_motif = [ Seq("AGCT"), 
...               Seq("TCGA"), 
...               Seq("AACT"), 
...             ] 
>>> seq = motifs.create(DNA_motif) 
>>> print(seq) AGCT TCGA AACT

要计算序列值，请使用下面的命令：

>>> print(seq.counts) 
         0       1      2       3 
A:    2.00    1.00   0.00    1.00 
C:    0.00    1.00   2.00    0.00 
G:    0.00    1.00   1.00    0.00 
T:    1.00    0.00   0.00    2.00

使用以下代码来计算序列中的’A’ –

>>> seq.counts["A", :] 
(2, 1, 0, 1)

如果你想访问计数列，请使用下面的命令 –

>>> seq.counts[:, 3] 
{'A': 1, 'C': 0, 'T': 2, 'G': 0}

创建一个序列标识

我们现在将讨论如何创建一个序列标识。

考虑一下下面的序列 –

AGCTTACG 
ATCGTACC 
TTCCGAAT 
GGTACGTA 
AAGCTTGG

你可以使用以下链接创建你自己的标志 –http://weblogo.berkeley.edu/

添加上述序列并创建一个新的标志，并将名为seq.png的图片保存在你的biopython文件夹中。

seq.png

Biopython - 动点对象

在创建镜像后，现在运行以下命令 —

>>> seq.weblogo("seq.png")

这个DNA序列图案被表示为LexA结合图案的序列标志。

JASPAR数据库

JASPAR是最受欢迎的数据库之一。它提供了任何一种动机格式的设施，用于读取、写入和扫描序列。 Bio.motifs模块包含一个专门的类jaspar.Motif来表示元信息属性

它有以下值得注意的属性类型 –

matrix_id – 唯一的JASPAR动机ID
name – 动点的名称
tf_family – 动点的家族，如’Helix-Loop-Helix’。
data_type – motif中使用的数据类型。

让我们在biopython文件夹中创建一个名为sample.sites的JASPAR站点格式。它的定义如下

sample.sites
>MA0001 ARNT 1 
AACGTGatgtccta 
>MA0001 ARNT 2 
CAGGTGggatgtac 
>MA0001 ARNT 3 
TACGTAgctcatgc 
>MA0001 ARNT 4 
AACGTGacagcgct 
>MA0001 ARNT 5 
CACGTGcacgtcgt 
>MA0001 ARNT 6 
cggcctCGCGTGc

在上述文件中，我们已经创建了motif实例。现在，让我们从上述实例中创建一个motif对象-

>>> from Bio import motifs 
>>> with open("sample.sites") as handle: 
... data = motifs.read(handle,"sites") 
... 
>>> print(data) 
TF name None 
Matrix ID None 
Matrix:
            0       1       2       3       4       5 
A:       2.00    5.00    0.00    0.00    0.00    1.00 
C:       3.00    0.00    5.00    0.00    0.00    0.00 
G:       0.00    1.00    1.00    6.00    0.00    5.00 
T:       1.00    0.00    0.00    0.00    6.00    0.00

在这里，data从sample.sites文件中读取所有的motif实例。

要打印数据中的所有实例，请使用以下命令

>>> for instance in data.instances: 
...    print(instance) 
... 
AACGTG 
CAGGTG 
TACGTA 
AACGTG 
CACGTG 
CGCGTG

使用下面的命令来计算所有的值 –

>>> print(data.counts)
            0       1       2       3       4       5 
A:       2.00    5.00    0.00    0.00    0.00    1.00 
C:       3.00    0.00    5.00    0.00    0.00    0.00 
G:       0.00    1.00    1.00    6.00    0.00    5.00 
T:       1.00    0.00    0.00    0.00    6.00    0.00
>>>