如何使用conda轻松管理您的软件?
Conda 是最好的,也是市面上最容易使用的环境和包管理器。Conda的主要需求是管理软件,因为软件之间可能存在三角形的依赖关系,其中第一个软件依赖于第二个软件的特定版本,而第三个软件则依赖于另一个特定版本的第二个软件。
对于这些类型的情况,conda提供了一个不同的环境,可以在不影响其他环境的情况下存在两个软件版本。
软件介绍
软件是一组指令、信息或计算机程序,用于运行设备并执行某些任务。硬件是计算机外部设备的术语,是它的对立面。在这种用法中,“软件”是指在设备上运行脚本、程序和应用程序。
早期的软件是为某些计算机制作并与这些计算机使用的硬件一起销售的。软件在20世纪80年代开始在软盘上销售,然后在CD和DVD上销售。现在大多数软件都是直接从互联网购买和下载的。供应商网站或应用程序服务提供商的网站可能包含软件。
下面是众多类别中最典型的软件类型
-
应用软件
-
系统软件
-
驱动程序软件
-
中间件
-
编程软件
conda简介
在生物信息学中,我们想要使用的大多数工具都可以使用Conda安装,Conda是一个软件包和环境管理器。虽然不是所有软件都可以使用,但我们可能想要使用的实际上都可以使用。"Conda-installable"表示有人(可能是开发人员,也可能是其他人)已经费心制作了它。Conda的附加好处是极好地处理我们的各种语境,这与简化设置有关。程序A偶尔可能依赖于程序B的特定版本。然后,程序C将依赖于另一个版本的程序B,这会导致问题。
当我们尝试安装新软件时,Conda会自动为我们检查,轻松地设置和管理不同的环境,以防止这些版本冲突(这样我们就能在发生问题之前发现问题,在车子型号下面发生故障并不知道发生了什么)。进一步的优点还包括帮助实现复制性,因此让我们开始吧!
使用conda管理软件
在Windows中使用Anaconda提示符或在macOS或Linux中的终端窗口中,可以使用强大的包管理器和环境管理器Conda。
环境管理
Conda使您能够创建独立环境,其中文件、软件包和它们的依赖项彼此不通信。
当您开始使用conda时,已经有一个名为默认环境的基本环境。但是,不应将任何应用程序添加到默认环境中。为了使程序彼此独立,创建独立环境。
让我们看一些在conda中设置环境的步骤。
首先,我们必须创建一个环境,然后才能安装它。用于创建conda环境并安装新软件的命令为:
这里environment_name是我们要为Conda环境指定的名称,而package_name是要安装的软件包的名称。
要使用Conda环境,我们必须激活它,这可以通过两种方法完成,根据版本不同有所不同。
- 对于版本低于4.6的命令为
- 对于版本4.6及更高版本,命令为
要获取用户创建的所有环境列表,可以使用以下标签
如果用户只输入“activate”或“source activate”命令,则当前环境将被停用,用户将恢复到基本环境。
管理Python
使用conda可以轻松安装和使用Python,conda会安装与安装Anaconda时使用的Python版本相同的版本。同时,它还提供了下载用户所需的不同版本的python的选项。
让我们看一些可以用来管理Python编程语言的命令
- 首先,我们必须创建环境,然后在环境中安装特殊版本的Python
这里的environment_name是我们要给conda环境的名称,x是我们要安装的python版本。
-
使用Python之前,我们必须激活conda环境,然后我们可以使用它。
-
同时,为了验证当前版本是否激活,我们可以使用上述定义的第三步。
管理软件包
我们已经看到了如何在环境中创建软件包并安装它们,但是最后一个任务是如何管理我们已安装的软件包。 conda提供了各种命令,使我们可以查找软件包或查找当前环境中的所有软件包。
要搜索软件包- ‘conda search package_name’ 要查找环境中的所有软件包 ‘conda list’ 使用命令,其中 ‘package_name’ 是我们要搜索的特定软件包的名称。
结论
Conda是一个环境和软件包管理器,是市场上所有竞争对手中最好和最容易使用的。我们想在生物信息学中使用的大多数工具都可以使用Conda进行安装,Conda是一个软件包和环境管理器。并非所有东西都可用,但是我们可能想使用的几乎所有东西都可以使用。
"通过conda安装"表示某个人(可能是开发人员,也可能是其他人)已经费了那个劲使它变成那个样子。