Numpy：如何将Nifti文件转换为Numpy数组

在本文中，我们将介绍如何将Nifti文件转换为Numpy数组。Nifti是一种医学图像格式，常用于磁共振成像（MRI）和计算机断层扫描（CT）。Numpy是一个流行的Python库，用于数学运算和科学计算。

阅读更多：Numpy 教程

安装必要的库

在开始转换之前，需要安装必要的库：Nifti和Numpy。可以使用以下命令在命令行中安装它们：

pip install nibabel
pip install numpy

读取Nifti文件

使用Nifti库中的load函数可以读取Nifti文件。以下是一个例子：

import nibabel as nib

nii_file = nib.load('example.nii.gz')

此代码将由“example.nii.gz”文件指定的Nifti文件读取到变量nii_file中。如果文件不在当前工作目录中，则可以指定完整的文件路径。

将数据转换为Numpy数组

要将Nifti文件转换为Numpy数组，可以使用get_data函数。以下代码演示如何执行此操作：

import nibabel as nib

nii_file = nib.load('example.nii.gz')
nii_data = nii_file.get_data()

print(nii_data.shape)

在此示例中，nii_data数组包含从Nifti文件中读取的数据，并使用print语句显示其形状。

数据的前后顺序

需要注意的一点是，Nifti数据的顺序与Numpy数组的顺序不同。具体来说，在Nifti文件中，第一个轴是从左到右的，而在Numpy数组中，第一个轴是从上到下的。因此，需要对数据进行翻转以匹配正确的顺序。以下代码演示了如何执行此操作：

import nibabel as nib
import numpy as np

nii_file = nib.load('example.nii.gz')
nii_data = nii_file.get_data()

nii_data = np.flip(nii_data, 0)

在此示例中，flip函数用于翻转数据的第一个轴。

保存Numpy数组

一旦将Nifti文件转换为Numpy数组，可以使用savetxt函数将其保存为文本文件：

import numpy as np

nii_data = np.loadtxt('example.npy')
np.savetxt('example.txt', nii_data)

在此示例中，使用loadtxt函数读取Numpy数组，并将其保存为名为“example.txt”的文本文件。

总结

在本文中，我们介绍了如何将Nifti文件转换为Numpy数组。使用Nifti库中的load函数可以读取文件，而使用get_data函数可以将数据转换为Numpy数组。由于Nifti数据的顺序不同于Numpy数组的顺序，需要对数据进行翻转以匹配正确的顺序。最后，可以使用savetxt函数将Numpy数组保存为文本文件。希望这篇文章对于刚刚开始学习Numpy的读者有所帮助。