r语言如何做森林图|极客教程

r语言如何做森林图

在数据可视化领域，森林图（Forest Plot）是一种常用的图表类型，用于展示多个研究结果或变量的效应估计和置信区间。在医学研究、流行病学调查等领域经常用到。本文将介绍如何使用R语言制作森林图，并介绍一些常用的数据处理及绘图技巧。

准备数据

在制作森林图之前，首先需要准备好数据。通常一个典型的森林图数据包含以下几列：

变量名称或研究名称
效应估计（Effect estimate）
置信区间（Confidence interval）

以下是一个示例数据：

# 创建一个示例数据框
data <- data.frame(
  Study = c("Study A", "Study B", "Study C", "Study D"),
  Estimate = c(1.5, 2.0, -0.8, 1.2),
  Lower_CI = c(0.8, 1.5, -1.2, 0.9),
  Upper_CI = c(2.2, 2.5, -0.4, 1.5)
)

# 输出数据框
print(data)

运行以上代码，可以看到示例数据框的内容。

绘制森林图

接下来，我们将使用ggplot2包来绘制森林图。ggplot2是一个流行的数据可视化包，提供了丰富的图形功能。

# 导入ggplot2包
library(ggplot2)

# 创建森林图
forest_plot <- ggplot(data, aes(x = Estimate, y = reorder(Study, Estimate))) +
  geom_point(size = 2, color = "blue") +  # 效应估计点
  geom_errorbarh(aes(xmin = Lower_CI, xmax = Upper_CI), height = 0) +  # 置信区间棒图
  geom_vline(xintercept = 0, linetype = "dashed", color = "grey") +  # 添加竖直参考线
  labs(title = "Forest Plot", x = "Effect estimate", y = NULL) +  # 图表标题和坐标轴标签
  theme_minimal() +  # 使用简洁主题
  theme(axis.text.y = element_text(size = 10), 
        axis.title.x = element_text(size = 12),
        plot.title = element_text(size = 14, hjust = 0.5))

# 输出森林图
print(forest_plot)

运行以上代码，可以生成一个简单的森林图。森林图中每个点代表一个研究或变量，水平线段表示该研究或变量的效应估计以及置信区间范围。竖直虚线是效应估计值为0的参考线。

定制森林图

为了让森林图更具可读性，我们可以进行一些定制化的操作，例如修改点的颜色、调整字体大小、添加标签等。

# 创建定制化的森林图
forest_plot_custom <- forest_plot +
  geom_text(aes(label = Study), hjust = 1.1, size = 3, nudge_x = 0.1) +  # 添加标签
  scale_x_continuous(breaks = seq(-2, 2, by = 0.5)) +  # 修改x轴刻度
  scale_y_discrete(limits = rev(levels(data$Study))) +  # 修改y轴排序
  theme(axis.text.y = element_text(size = 8))  # 调整y轴标签字体大小

# 输出定制化的森林图
print(forest_plot_custom)

通过运行以上代码，可以看到一个定制化的森林图。在这个图中，我们添加了研究名称标签、调整了x轴刻度、修改了y轴排序，并调整了一些字体大小。